生物标志物分析PCR是一种 DNA扩增技术，其原理是先将需要扩增的 DNA分子直接加入到扩增试剂盒中进行扩增。通常来讲, PCR是基于 DNA分子对 RNA等蛋白的复制反应。DNA分子虽然可以复制很长距离但必须在核酸内进行扩增。PCR不仅具有 DNA序列特异性、速度快、反应灵敏等优点，还具有操作简单、容易操作、成本低廉等优点。
　　1.引物
　　PCR试剂盒在生产过程中，先将需要扩增的 DNA分子加入到扩增试剂盒中，同时加入不同的引物，在扩增反应中，所用的引物通常有多种，如 DNA探针引物、 DNA酶等。通常, PCR试剂盒中含有的引物是不同的、不同品牌和不同种类的。在扩增反应过程中如果出现了扩增失败甚至扩增产物出现假阳性或假阴性的情况，可以通过改变引物设计对扩增程序进行调整，以避免假阳性或假阴性结果的出现。
　　2.目的基因
　　目的基因通常是遗传基因的结构片段，具有非结构的碱基序列，并有可能出现基因突变。通过使用特定的引物(production)可以获得目的基因序列，并对目的基因进行扩增。
　　3.试剂盒
　　目前 PCR技术中使用的试剂盒主要有三种类型：
　　一是 PCR试剂盒，也称抗体盒，可以在实验室使用；
　　二是免疫荧光探针，也称芯片探针，可以用于检测分子的生物信息；
　　三是荧光探针，也叫引物，可以用于检测不同类型的蛋白和基因。对于需要检测的基因，如果使用抗体试剂盒可以快速检测，不需要额外使用抗体。现在有一些针对于非编码 DNA扩增检测用的免疫荧光探针产品。由于其在灵敏度和特异性上都优于核酸序列检测试剂盒，所以在实验室选择和使用免疫荧光探针时尤为重要。免疫荧光探针能够通过各种方式实现标记序列检测效果，在 PCR系统开发过程中也得到了广泛使用。
　　4.基因扩增过程
　　基因扩增主要是从两个方向进行，一个方向是通过分子作用于目标分子的蛋白质而扩增，另一个方向是利用蛋白质的相互作用，通过改变模板 DNA分子的功能，将 DNA分子降解或替换成其他模板分子，以扩增出目的蛋白或与目标蛋白结合而发挥功能，是一种分子标记方法。通常情况下，扩增模板在实验室中可以由多种类型得到。最常见的模板有 DNA多聚体模板和 RNA模板等。
　　5. PCR相关的生物信息学特征
　　PCR扩增的核心是 DNA合成，即一种将 DNA分子变成蛋白质的过程。这些蛋白质经过不同的代谢途径和酶的作用最终合成不同种类的蛋白质。通过对不同反应条件下的蛋白质进行测序，可以研究生物信息学的特征。在实验中，一般通过控制反应条件，即调节化学反应的速度，以及调节反应后产物浓度与产物中游离氨基酸类型和基因表达量之间对应关系等来影响 PCR产物反应过程中的生物信息学特征。同时通过对不同反应条件下样品及结果数据的分析，可以了解样本中与蛋白质相关生物学性状等信息。