16S和ITS rRNA测序(内部转录间隔区核糖体RNA测序)是常用的扩增子测序方法，16s rna基因测序可用于鉴定和比较给定样本中的细菌或真菌。基于NGS的ITS和16S rRNA基因测序可比较来自复合微生物组或环境中难以研究甚至不可能研究的样本的系统发育和分类，它们都是该应用领域的成熟方法。

　　原核生物的16S rRNA基因长约1500 bp，包含9个散布在保守区域之间的可变区。16S rRNA的可变区经常用于不同微生物群落的属或种系统进化分类。1 rRNA顺反子的ITS1区域是鉴定宏基因组样本中真菌物种的常用DNA标记。2

　　与毛细管测序或基于PCR的方法相比，基于扩增子的16S基因的新一代测序具有多个优势。通过本16S测序方法指南了解其工作原理。