天然高纯度的硅藻土矿很少见。多数硅藻土矿要进行选矿加工后才能满足应用领域的需要。硅藻土选矿的目的是除去石英、长石等碎屑矿物、氧化铁类矿物、粘土类矿物以及有机质，以富集硅藻。 
选矿方法的选用以杂质矿物的种类、性质产品的纯度要求而定。 
对于主要含石英、长石类碎屑矿物、粘土含量很少、硅藻含量较高的硅藻原土，可采用简单的旋风分离法，即在干燥和选择性粉碎后采用旋风分离器或空气离心分选机进行选别;也可以采用湿式重力沉降或离心沉降的方法进行选别，原则工艺流程是：硅藻原土→擦洗制浆→重力沉降离心沉降;如果原土中含有铁质矿物，可在重力或离心沉降后增设磁选除铁作业。 
含粘土硅藻土和粘土质硅藻原土的选矿提纯是硅藻土选矿的重点和难点所在，重点在于我国绝大多数的硅藻土矿床属含粘土硅藻土和粘土质硅藻土，难点在于硅藻壳体与粘土颗粒的解离和分选。目前在工业上应用的一种成功的工艺是：擦洗制浆→稀释→沉淀分离→负压脱水→热风干燥→精细分级→硅藻精土。 

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