一、实质不同：
1、新三板的实质：原指中关村科技园区非上市股份有限公司进入代办股份系统进行转让试点，因挂牌企业均为高科技企业而不同于原转让系统内的退市企业及原STAQ、NET系统挂牌公司，故形象地称为“新三板”。
2、老三板的实质：所谓的“老三板”指的是包括从原来两个法人股市场退下来的“两网股”股票和从主板市场终止上市后退下来的“退市股”股票。
 
二、发行的股票不同
1、老三板发行的股票，是以400开头或者420开头的六位交易代码股票，老三板的股票是因为连续的困损而从沪深交易市场退市或者直接就没有在沪深交易市场上市的股票。
2、新三板发行的股票，是以430开头的六位交易代码股票。新三板发行的股票是直接在三板市场上市由中关村科技园发行的股票。
 
三、股票品种不同：
1、新三板的股票品种：新三板的股票更多，更加的灵活；新三板与老三板最大的不同是配对成交，设置30%幅度，超过此幅度要公开买卖双方信息。
2、老三板的股票品种：老三板挂牌的股票品种少，且多数质量较低，再次转到主板上市难度也很大，长期被冷落。